O pólo aquático é o segundo esporte mais antigo da história do clube, após o remo. A equipe fez seu primeiro jogo em 27 de maio de 1913, no Rio de Janeiro, e o time rubro-negro venceu o Clube Internacional de Regatas por 3 a 2. Somente em 1965, o Flamengo inaugurou seu parque aquático, antes disso os atletas treinavam e jogavam na Lagoa Rodrigo de Freitas ou no mar. O primeiro campeonato carioca masculino veio em 1985 e terminou com um eneacampeonato (nove títulos consecutivos), sendo este último em 1993. Também neste ano, o clube conquistou o Campeonato Sul-Americano de Clubes e o Troféu Brasil, título também vencido de 1985 a 1988. Uma equipe feminina de pólo aquático foi formada em 1987, conquistando o Troféu Brasil em 1987 e 1991 e o eneacampeonato estadual terminado em 1995.^[176][177]