A natação começou no clube da Gávea antes mesmo da inauguração do respectivo departamento, fato que só ocorreu em 1921; embora o parque aquático do Flamengo só tenha ficado pronta em 1965. No fim da da década de 30, o clube contou com o quarteto conhecido como "Fortalezas Voadoras" e formado por Piedade Coutinho, Scyla Venâncio, Geysa Carvalho e Ligia Cordovil. Em 1968, a natação rubro-negra conquistou seu primeiro Troféu Brasil e na década de 80 o octacampeonato dessa mesma competição e ainda outro octacampeonato, no Troféu José Finckel, sob o comando de Daltely Guimarães, revelando atletas como Ricardo Prado, Rômulo Arantes e Patrícia Amorim. Outros atletas de importância foram Fernando Scherer ("Xuxa") e Maria Lenk. As conquistas recentes mais importantes são o Troféu Brasil de 2002 e o Troféu José Finckel de 2001 e 2002.^[174][175]